신청인의 조건은 영업자 또는 농업인, HACCP 자제적용 1개월 이상이다. 신청인이 신청서를 다운받아 지정신청서에 작성을 한다. 작성 내용은 1. 영업허가(신고)증 사본 또는 축산업등록증 사본 등, 2. 영업자, 종업원 또는 농업인의 교육훈련 수료증 사본, 3. 최근 3개월간 생산 또는 영업실적에 관한 서류, 4. 위생관리프로그램 및 1월 이상의 운용실적, 5. 자체위해요소 중점관리기준 및 1월 이상의 운용실적이고 이 서류를 축산물 HACCP 담당기관에 제출한다. 신청서 접수 처리기한은 60일이며, 서류 검토 후 적합할 경우 현장실사 후 평가/판정을 한다. 적합 판정일 경우지정서를 작성하고 지정서를 교부한다. 요청시 영문지정서도 교부한다. 부적합 판정일 경우 종결하고 보완해야될 사항이 있을 땐 3개월 이내로 보안해 통과되면 지정서를 작성할 수 있는 경우와 다시 현장실사를 하는 경우가 있다. 하지만 미보완시 종결한다. 서류 검토 후 서류가 미비할 경우 15일 이내로 보완해 현장실사를 하고 미보완시 종결한다.