민원인(신청인)이 훈증시설 (창고, 사이로, 부선, 컨테이너)을 설비하고 시설구조명세서(평면도, 입면도 포함), 시설배치도를 첨부하여 훈증시설 확인신청서를 제출한다. 처리기관인 농림축산검역본부 지역본부 시설 소재지 관할 지원장에 접수하면 접수일로부터 20일 이내 훈증시설 서류 및 현장확인을 한다. 확인 후 부적합할 시 부적합을 통보하고 적합할 시 지역본부장이 훈증시설을 지정한다. 훈증시설확인서 교부한다. 유효기간은 1년에서 3년이고 검역검사소장이 본부장에게 훈증시설 확인서를 교부한다. 유효기간이 만료된 후 재신청은 시설 소재지 관할 지원장에게 한다