검사신청을 접수 받으면 현장검사와 서류에 의한 검사로 분류가 되는데 서류에 의한 검사에 의해 구비서류를 확인하여 통과될 경우 합격증을 발급하고 통과되지 않을 경우 현장검사를 실시한다. 현장검사 시 금지식물일 경우 폐기, 반송을 하고 비검역병해충, 병해충 미발견 시 합격증을 발급한다. 하지만 파종용 및 재식용 식물, 생과일 등 신선농산물, 병해충 감염의심 식물, 규제대상 의심병해충 발견 시 실험실 검사를 하여 병해충이 발견되지 않을 시 합격증을 발급하고 발견될 시 비검역병해충, 관리병해충/규제비검역병해충/잠정규제병해충, 금지병해충으로 분류된다. 비검역병해충일 경우 합격증을 발급하고 금지병해충일 경우 폐기, 반송을 한다. 관리병해충/규제비검역병해충/잠정규제병해충일 경우 소독가능하면 소독결과확인 후 합격증을 발급하고 소독불가능하면 폐기, 반송한다.