수입자가 검사신청을 하면 먼저 서류검사를 실시하여 합격하면 사후관리기관인 농관원, 종자원에 통보한다. 서류검사 후 증명서 등을 첨부하여 현장검사를 실시하고 실험실 검사를 실시한다. 정성검사를 하여 음성일 경우 합격하고 양성일 경우 미승인과 국내외 승인으로 분류된다. 국내외미승인일 경우 폐기, 반송을 하고, 국내외승인일 경우 시료를 송부(지소, 농관원 시험연구소)하여 정량검사를 실시하고 결과를 통보한다. 비의도적 혼입기준이 이하일 경우 합격하고 초과했을 시 국외승인,국내미승인일 경우 폐기, 반송한다. 국내 승인일 경우 서류를 보완하여 합격을 하고 사후관리기간에 통보한다.