수입자가 수입승인신청서와 첨부서류를 승인기관에 제출하면 위해성심사기관이 이전자료 환경 위해성과 첨부서류를 심사한다. 승인기관에서 위해성심사 결과 및 사회 경제적 영향을 고려하여 수입승인을 결정되면 수입자에게 수입승인서를 교부한다. LMO농산물 수입자가 검역검사본부에 종자용, 사료용, 식양청에 식용, 가공용에 대해 수입신고를 하면 국경검사를 한다. 국경검사 시 검역검사본부에서 병해충유무 및 미승인 LMO 유무를 검사하고 식약청에서는 잔류농약 및 인체 위해성 승인여부를 검사한다. 세관신고 시 검사합격증 첨부를 신고하고 서류검사 후 통관되면 국내유통 한다.