LMO 수입자가 신청하면 농관원에서 사료용 수입승인 후 농촌진흥청에 이관하여 농촌진흥청에서 환경위해성 심하를 한다. 환경위해성심사 및 국재 사회적, 경제적 영향을 고려하여 수입승인여부를 결정한다. 수입 승인 시 종자원과 농림수산검역검사본부에 통보한다. 종자원에서는 종자용을 수입승인 하고 농림수산검역검사본부에서는 국경통관 시 승인, 신고품목 해당여부 검사, 미승인 LMO 폐기, 반송을 하는 국경검사를 전담한다. 농림수산식품부, 농생명산업팀이 LMO 안전관리업무를 총괄하고, 국경감시에 관한 내용을 농관원, 종자원에 통보하면 사후 취급관리를 전담한다. 사후 취급관리는 통관 허용된 LMO의 비의도적 환경방출, 용도 외 사용방지 등 사후관리 LMO의 국내 표시제 관리이다.