선박회사, 항공사를 통해 수입 검역물이 도착하면 검역관이 선·기상검사를 한다. 하역회사 하역을 하면 검역관이 현장검사를 하고 수송회사가 검역시행장까지 수송을 한다. 검역장소인 검역시행장에 입고하면 소독을 하고 수입자 또는 대리인이 검역을 신청한다. 동물과 축산물로 분류된다. 동물은 역학조사, 임상조사, 정밀검사로 분류되고 역학조사에는 수입금지 지역여부/위생조건 이행여부가 있고 임상검사에는 검역증과 개체확인/개체별 임상실험이 있고 정밀검사에는 미생물학적 검사/혈청학적 검사/병리학적 검사가 있다. 축산물은 역학조사, 임상검사, 정밀검사로 분류되고 역학조사에는 수입금지 지역여부/위생조건 이행여부가 있고 임상검사에는 컨테이너 상태확인/현불검사가 있고 정밀검사에는 이화학적 검사/미생물학적 검사/잔류물질 검사가 있다. 검사 후 합격 판정이 나오면 검역증을 교부하고 개방한다. 불합격 판정이 나오면 반송, 소각, 매몰을 한다.